Cuando nos referimos a las ventajas del biodiésel podríamos establecer tres grupos destacados incluyendo las ventajas medioambientales, las ventajas como combustible y las ventajas económicas. Sin embargo, debemos tener en cuenta que estas ventajas no son las mismas para todos los biocombustibles ya que existen diferencias entre B100, B20, B30 y las mezclas a base de bioetanol como pueden ser E5, E10, o E85.

Ventajas medioambientales

En relación al B100 podríamos decir que se trata de un combustible 100% vegetal y biodegradable, ya que en 21 días aproximadamente se degradan el 98% de sus moléculas. Además, es una energía renovable e inagotable a la vez y no genera residuos tóxicos u otros que tengan cualquier tipo de peligrosidad. El biodiésel no contiene azufre y, por tanto, se reducen las emisiones de dióxido de azufre en un 99,9% aproximadamente.

Además el CO2 emitido durante la producción y el consumo de biodiésel se absorbe durante la fotosíntesis de las plantas oleaginosas, por lo cual el CO2 emitido se recicla por las mismas plantas que después servirán para producir biodiésel. Los hidrocarburos totales no quemados se reducen un 90% y los aromáticos también disminuyen entre un 75% y un 90%. Las partículas sólidas se reducen en un 55% y el óxido de carbono también se reduce en un 25%.

Por consiguiente, el biodiésel como combustible vegetal tampoco contiene ningún tipo de sustancia nociva ni perjudicial para la salud, a diferencia de los hidrocarburos que contienen sustancias aromáticas y benzeno. La no emisión de estas sustancias disminuye el riesgo de contraer enfermedades respiratorias y alergias. También cumple con el protocolo de Kioto ya que su empleo reduce un alto porcentaje de la contaminación atmosférica de cada país.

Ventajas del biodiésel como combustible

El biodiésel tiene una gran compatibilidad con la mayoría de motores diésel que actualmente se comercializan, ya que puede utilizarse directamente en cualquier motor diésel y no requiere ninguna modificación del motor. Cabe destacar que hay excepciones, ya que el motor de los vehículos de gran calidad sí debe recibir normalmente cambios y también nos podemos encontrar con motores que han funcionado con diésel procedente del petróleo y que una vez les pones el biodiésel éste se encargue de "limpiar el motor", desincrustando partículas o residuos que haya dejado el diésel cuando se ha utilizado.

Por otro lado, las condiciones de almacenamiento del biodiésel son mucho más seguras que las de otros combustibles, ya que su punto de inflamación es 100ºC más alto comparado con otros combustibles.

En este apartado hay que destacar también que el biodiésel posee mejores cualidades de lubricación que el petróleo y gracias a este hecho aumenta la vida del motor.

Ventajas económicas del biodiésel

La producción y utlización del biodiesel permite reducir la dependencia de la sociedad en el petróleo y otros combustibles fósiles.

Como comentábamos antes, el empleo del biodiésel puede alargar la duración de los motores ya que posee un gran poder lubricante, y protege el motor reduciendo el desgaste, por lo tanto disminuye en gran parte sus gastos de mantenimiento.

También es importante destacar la capacidad detergente que posee el biodiésel, que mantiene limpios los sistemas de conducción e inyección del circuito de combustible de los motores.

La utilización del biodiésel no requiere cambios en la infraestructura para su distribución y logística, y la existente se puede aprovechar para los combustibles derivados del petróleo.

La plantación de semillas oleaginosas para la creación del biodiésel conlleva grandes ventajas para el sector agrícola, incluyendo las tierras improductivas, ya que estas tierras se pueden volver a aprovechar para plantar semillas oleaginosas.